處理工藝流程選擇，一般需考慮以下因素。
（1）廢水水質(zhì)
生活污水水質(zhì)通常比較穩(wěn)定，一般的處理方法包括酸化、好氧生物處理、消毒等。而工業(yè)廢水應(yīng)根據(jù)具體的水質(zhì)情況進行工藝流程的合理選擇。特別需要指出的是，對于采用好氧生物處理工藝處理廢水來說，要注意廢水的可生化性，通常要求COD/BOD5＞0.3，如不能滿足要求，可考慮進行厭氧生物水解酸化，以提高廢水的可生化性，或是考慮采用非生物處理的物理或化學(xué)方法等。
（2）污水處理程度
這是污水處理工藝流程選擇的主要依據(jù)。污水處理程度原則上取決于污水的水質(zhì)特征、處理后水的去向和污水所流入水體的自凈能力。但是目前，污水處理程度的確定主要依從國家的有關(guān)法律制度及技術(shù)政策的要求。通常環(huán)境管理部門是根據(jù)《污水綜合排放標準》及相關(guān)的行業(yè)排放標準來控制污水的排放濃度，一些經(jīng)濟發(fā)展水平較高的地區(qū)還規(guī)定了更為嚴格的地方排放標準。因此，無論是何種需要處理的污水，也無論是采取何種處理工藝及處理程度，都應(yīng)以處理系統(tǒng)的出水能夠達標為依據(jù)和前提。按照法律、法規(guī)、政策的要求預(yù)防和治理水體環(huán)境污染。
（3）建設(shè)及運行費用
考慮建設(shè)與運行費用時，應(yīng)以處理水達到水質(zhì)標準為前提條件。在此前提下，工程建設(shè)及運行費用低的工藝流程應(yīng)得到重視。此外，減少占地面積也是降低建設(shè)費用的重要措施。
（4）工程施工難易程度
工程施工的難易程度也是選擇工藝流程的影響因素之一。如地下水位高，地質(zhì)條件差的地方，就不適宜選用深度大、施工難度高的處理構(gòu)筑物。
（5）當?shù)氐淖匀缓蜕鐣l件
當?shù)氐牡匦巍夂虻茸匀粭l件也對廢水處理流程的選擇具有一定影響。如當?shù)貧夂蚝洌瑒t應(yīng)采用在采取適當?shù)募夹g(shù)措施后，在低溫季節(jié)也能夠正常運行，并保證取得達標水質(zhì)的工藝。
當?shù)氐纳鐣l件如原材料、水資源與電力供應(yīng)等也是流程選擇應(yīng)當考慮的因素之一。
（6）污水的水量
除水質(zhì)外，污水的水量也是影響因素之一。對于水量、水質(zhì)變化大的污水，應(yīng)首先考慮采用抗沖擊負荷能力強的工藝，或考慮設(shè)立調(diào)節(jié)池等緩沖設(shè)備以盡量減少不利影響。
（7）處理過程是否產(chǎn)生新的矛盾
污水處理過程中應(yīng)注意是否會造成二次污染問題。例如制藥廠廢水中含有大量有機物質(zhì)（如苯、甲苯、溴素等），在曝氣過程中會有有機廢氣排放，對周圍大氣環(huán)境造成影響；化肥廠造氣廢水在采用沉淀、冷卻處理后循環(huán)利用，在冷卻塔尾氣中會含有氰化物，對大氣造成污染；農(nóng)藥廠樂果廢水處理中，以堿化法降解樂果，如采用石灰做堿化劑，產(chǎn)生的污泥會造成二次污染；印染或染料廠廢水處理時，污泥的處置為重點考慮的問題。
總之，污水處理流程的選擇應(yīng)綜合考慮各項因素，進行多種方案的技術(shù)經(jīng)濟比較才能得出結(jié)論。